Khawatir
dengan pengalaman pertemuannya dengan Voldemort di Kementerian
Sihir, Harry Potter merasa enggan untuk kembali
ke Hogwarts. Dumbledore mendorongnya untuk kembali, setelah
mengajaknya untuk menemui seorang mantan guru Hogwarts, Horace Slughorn. Dengan
bantuan Harry, ia berhasil membujuk Slughorn agar mau kembali mengajar di
Hogwarts.
Sementara
itu, Pelahap Maut mulai menimbulkan kerusakan baik di
kalangan Muggle (masyarakat manusia biasa non-sihir) maupun Penyihir.
Mereka menghancurkan Jembatan Millennium serta menculik pembuat
tongkat sihir Mr. Ollivander dan menghancurkan tokonya di Diagon
Alley.
Bellatrix
Lestrange berhasil membujuk Severus Snape untuk
melakukan Sumpah Tak Terlanggar dengan ibu Draco
Malfoy, Narcissa. Sumpah ini memastikan agar Snape melindungi Draco dan
menyelesaikan tugas yang diberikan Voldemort kepada Draco, jika Draco gagal
melakukannya.
Harry, Ron,
dan Hermione, ketika sedang berada di Diagon Alley, mengikuti lalu melihat
Draco memeasuki toko Borgin and Burkes dan mengambil bagian dalam
sebuah ritual bersama kelompok Pelahap Maut. Selanjutnya, ketiga sahabat ini
terus mewaspadai tindak-tanduk Draco.
Di
Hogwarts, sekolah diamankan secara ketat baik oleh pihak sekolah maupun
Kementerian Sihir untuk memastikan agar Pelahap Maut tidak dapat mendekati
sekolah tersebut. Dengan kembalinya Slughorn mengajar Ramuan, Snape kini
mendapatkan posisi untuk mengajar Pertahanan Terhadap Ilmu Hitam. Profesor
McGonagall mendorong Harry dan Ron untuk mengambil kelas Ramuan, yang kini
diajar Slughorn yang mau menerima siswa dengan nilai OWL yang lebih
rendah. Harry dan Ron, yang tidak membeli buku teks karena tidak menduga bahwa
mereka dapat mengambil kelas itu, dipinjami buku teksnya dari kelas Ramuan.
Buku
pinjaman Harry sudah dibubuhi tulisan-tulisan petunjuk yang lebih tepat untuk
membuat ramuan dan mantra-mantra lain, dan dengan segera membuat Harry menjadi
siswa Ramuan nomor satu melebihi siswa lainnya di kelasnya. Harry menemukan di
sampulnya bahwa buku itu pernah dimiliki oleh "Pangeran
Berdarah-Campuran". Hermione mencari di perpustakaan namun tidak dapat
menemukan apa-apa mengenai nama ini. Setelah mengikuti petunjuk tulisan
'Pangeran Berdarah-Campuran', Harry kemudian berhasil memenangkan hadiah cairan
keberuntungan, Felix Felicis, dari Profesor Slughorn karena keberhasilannya
membuat sebuah ramuan yang sangat sulit.
Ketika
akan mengikuti pertandingan Quidditch, Ron merasa gugup. Harry berbuat
seolah-olah ia menambahkan cairan keberutungan ke minuman Ron, untuk menaikkan
kepercayaan diri Ron. Akibatnya, Ron sukses besar menjadi kiper Quidditch dari
tim Gryffindor, dan mendapatkan cinta Lavender Brown. Keduanya
berciuman di pesta perayaan kemenangan Gryffindor di Ruang Rekreasi. Hermione
yang melihat ini, lari meninggalkan ruangan itu sambil menangis, diikuti oleh
Harry. Kepada Harry, Hermione mengakui bahwa ia memiliki perasaan kepada Ron
dan mengerti bagaimana perasaan Harry ketika Ginny, yang ditaksirnya,
berciuman dengan Dean Thomas.
Pada
liburan Natal, Harry menghabiskan liburannya bersama keluarga Weasley, sambil
berdiskusi bersama Mr. Weasley, Remus Lupin, dan Tonks mengenai
situasi Hogwarts. Tiba-tiba terjadi serangan Pelahap Maut yang hendak menculik
Harry. Mereka berhasil menggagalkan upaya Pelahap Maut itu, namun rumah
keluarga Weasley, The Burrows, meledak dan terbakar. Kejadian ini
menyebabkan Harry menyesali diri karena dialah yang menimbulkan bahaya kepada
orang-orang yang disayanginya.
Dumbledore
mengungkapkan memori Tom Riddle—nama asli
Voldemort—melalui Pensieve kepada Harry, juga memori Slughorn di mana
Riddle menanyakan mengenai suatu Sihir Hitam. Sayangnya memori itu telah diubah
Slughorn sehingga tidak diketahui sihir hitam apa yang dibicarakan Slughorn
dengan Riddle. Dumbledore mengatakan bahwa Slughorn mungkin takut akan
konsekuensinya jika pembicaraan ini terungkap. Dumbledore juga percaya bahwa
jika Sihir Hitam yang dibicarakan ini terungkap, maka mereka akan memiliki
jalan untuk mengalahkan Voldemort. Karenanya, Dumbledore menyuruh Harry untuk
berusaha mendekati Slughorn supaya akhirnya ia mau memberikan memori yang asli.
Dengan
menggunakan cairan keberuntungan Felix Felicis yang dimenangkannya pada awal
tahun masuk sekolah, Harry 'secara beruntung' berhasil mempertemukan Slughorn
dengan Hagrid. Keduanya mabuk setelah upacara penguburan laba-laba raksasa
Aragog milik Hagrid, dan Harry berhasil membujuk dan meyakinkan Slughorn untuk
memberikan memori yang sesungguhnya.
Memori
ini mengungkapkan bahwa Riddle menanyakan mengenai Horcrux, sebuah cara
dalam Sihir Hitam untuk membagi jiwa ke dalam Horcrux sehingga pembuatnya tidak
dapat mati selama Horcruxnya tidak dihancurkan. Dumbledore mengungkapkan bahwa
Buku Harian Riddle (yang dihancurkan Harry pada buku kedua) dan sebuah Cincin
milik ibu Voldemort adalah dua dari keenam Horcrux yang dibuat Riddle. Mereka
harus mencari seluruh Horcrux dan menghancurkan semuanya supaya Voldemort dapat
dikalahkan.
Harry
kemudian semakin mencurigai tindak-tanduk Draco, mengikutinya di sekolah, tapi
gagal untuk mengetahui apa yang direncanakan oleh Draco. Harry percaya bahwa
Draco ada dibalik dua upaya untuk membahayakan hidup Dumbledore: yang pertama
melalui kalung mematikan yang dititipkan oleh entah siapa kepada Katie
Bell (di bawah Kutukan Imperius) untuk diberikan kepada Dumbledore
sebagai hadiah; yang kedua melalui sebuah botol minuman Mead beracun yang
hendak dihadiahkan Slughorn, juga terkena kutukan yang sama, kepada Dumbledore.
Kejadian yang kedua ini diketahui secara tidak sengaja ketika minuman itu
diminum oleh Ron.
Ron
kemudian dirawat di rumah sakit, dan ketika sedang tidak sadar, ia mengigaukan
nama Hermione di hadapan Lavender, yang langsung patah hati. Setelah insiden
ini, Harry memojokkan Draco di sebuah toilet dan bertarung dengannya di sana.
Harry menggunakan mantera Sectumsempra, yang pernah dibacanya di
buku milik Pangeran Berdarah-Campuran. Mantera itu dengan hebat melukai dan
membahayakan jiwa Draco. Snape tiba dengan segera, terbawa oleh Sumpah Tak
Terlanggarnya, dan menyembuhkan Draco sementara Harry pergi tergesa-gesa. Ginny
meyakinkan Harry untuk menyembunyikan buku itu di Kamar Kebutuhan untuk
menghindarkan dirinya dari menggunakan buku itu lagi. Di Kamar itu, mereka
menemukan Lemari Penghilang, yang sedang diusahakan perbaikannya oleh Draco,
namun baik Harry maupun Ginny sama sekali tidak menyadari mengenainya. Ginny
menyembunyikan buku itu dan kemudian berciuman dengan Harry.
Dumbledore
mengajak Harry untuk membantunya menemukan salah satu Horcrux lainnya, di
sebuah tempat yang baru diketahuinya. Keduanya ber-apparate ke
sebuah tebing tepi laut, dan masuk ke sebuah gua tempat Horcrux itu
disembunyikan. Di tengah-tengah danau di dalam gua itu terdapat sebuah pulau
kristal kecil, dan mereka menemukan sebuah ceruk berisi cairan beracun yang di
dasarnya terdapat Horcrux itu. Untuk dapat mengambil Horcruxnya, cairan itu
harus diminum. Dumbledore menyuruh Harry untuk memaksa dirinya tetap minum
cairan beracun itu, karena ia mengetahui bahwa cairan itu dapat mengubah
pikiran. Dumbledore menghabiskan cairan beracun itu dengan dibantu-paksa
diminumkan oleh Harry. Setelah habis, sementara Dumbledore memulihkan diri dari
cairan itu, Harry meraih Horcrux yang berbentuk kalung liontin potret. Saat
itu, sangat banyak Inferi (mayat hidup) bergerak dari dasar danau dan
menyerang mereka. Dumbledore berhasil kembali ke kesadarannya tepat pada
waktunya dan membakar semua Inferi itu, lalu keduanya ber-apparate kembali ke
Menara Astronomi di Hogwarts.
Dumbledore,
yang masih lemah akibat minum cairan beracun itu, menyuruh Harry untuk
memanggilkan Snape. Namun sebelum Harry sempat pergi, terdengar langkah-langkah
kaki dan Dumbledore menyuruh Harry untuk bersembunyi di sisi bawah tingkap
Menara itu. Suara langkah kaki itu ternyata adalah Draco, yang bersiap untuk
membunuh Dumbledore atas perintah Voldemort, tetapi—dari dalam dirinya—ia tidak
dapat melakukannya. Sementara itu, Lemari Penghilang telah berhasil diperbaiki
sehingga Bellatrix dan para Pelahap Maut lainnya berhasil memasuki Hogwarts
melalui Lemari pasangannya di toko Borgin and Burkes, dan menggabungkan diri
dengan Draco di Menara berhadapan dengan Dumbledore. Snape secara diam-diam
datang melalui tingkap bawah tempat Harry bersembunyi, memberi isyarat agar
Harry tetap diam, lalu naik ke atas dan bergabung dengan Pelahap Maut lainnya.
Snape lalu melontarkan kutukan Avada Kedavra terhadap Dumbledore yang
langsung membunuhnya. Kutukan itu menghantam Dumbledore dan melempar tubuh
Dumbledore jatuh ke bawah dari sisi Menara. Snape, Draco, dan Pelahap Maut
lainnya meninggalkan sekolah, Bellatrix melontarkan lambang Pelahap Maut ke
atas sekolah, lalu menghancurkan Aula Besar, dan membakar pondok Hagrid sambil
tertawa riang.
Harry
berusaha untuk menghentikan mereka, dan menyerang Snape menggunakan
mantera Sectumsempra. Namun Snape menangkis mantera itu dan
berhasil menjatuhkan Harry. Sebelum pergi, Snape mengatakan bahwa dialah
pencipta mantera Sectumsempra dan bahwa dialah 'Pangeran
Berdarah-Campuran' itu.
Para
staf guru dan murid-murid Hogwarts berkabung atas kematian Dumbledore dan Ginny
menghibur Harry atas kejadian itu. Ketika ditanya, Harry sama sekali menolak
untuk mengatakan kepada Profesor McGonagall mengenai apa yang dilakukannya
bersama Dumbledore.
Belakangan,
Harry mengungkapkan kepada Ron dan Hermione bahwa Horcrux yang ditemukannya
bersama Dumbledore itu adalah palsu, berisikan sebuah pesan dari
"R.A.B." yang menyatakan bahwa R.A.B. ini telah mengambil Horcrux itu
dan berharap agar Voldemort tidak lagi dapat hidup abadi. Harry memberi tahu
kedua rekannya bahwa ia tidak akan kembali ke sekolah pada tahun yang akan
datang, dan sebaliknya akan mencari R.A.B. dan Horcrux-Horcrux lainnya supaya
Voldemort pada akhirnya dapat dibinasakan. Ron dan Hermione mengingatkan Harry
bahwa mereka adalah sahabat-sahabatnya dan mereka akan turut pergi bersama
Harry dalam misinya itu.
Film
ini diakhiri dengan ketiga sahabat itu melihat Fawkes, burung Phoenix milik
Dumbledore, terbang menjauh dari batas sekolah Hogwarts.